Năm 1992, là thành viên của Đảng Cách mạng Nhân dân Mông Cổ (MPRP) Enkhbayar được bầu vào Quốc hội Mông Cổ và được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Văn hoá. Ông giữ chức vụ này cho đến năm 1996, khi Đảng Dân chủ đối lập đánh bại MPRP trong cuộc bầu cử nghị viện vào năm đó. Năm 1996, Enkhbayar trở thành tổng thư ký của MPRP và dẫn đầu nhóm MPRP đối lập trong Quốc hội. Năm 1997 ông được bầu làm Chủ tịch của MPRP.[5]

Năm 1999, Mông Cổ hứng chịu trận bão tuyết lạnh gây ra tình trạng thiếu lương thực trầm trọng và mất hàng ngàn gia súc. Chính phủ đương nhiệm đã phản ứng kém đối sự việc này dẫn đến sự ủng hộ của người dân cho Đảng Cách mạng Nhân dân Mông Cổ (MPRP) tăng đáng kể. MPRP đã giành giành 72 trong số 76 ghế đồng thời kiểm soát Quốc hội, Enkhbayar được bổ nhiệm làm Thủ tướng thứ 21 của Mông Cổ.[6]

Năm 2004, MPRP tiếp tục nắm giữ đa số trong chính phủ, Enkhbayar được bầu trở thành Chủ tịch Quốc hội Mông Cổ và phục vụ cho vị trí này từ năm 2004-2005.[4]